Under ledning av Chief Joseph gjorde Nec Perce-stammen vid ett tillfälle ett försök att fly undan den amerikanska armén. Med fara för sina liv flydde de på sina appaloosahästar med alla sina ägodelar för att slippa ett liv i reservat. Men indianerna räknade fel; de slog läger 40 miles från Kanadas gräns. Där blev de tvungna att ge upp. De flesta av deras hästar dödades eller såldes. Många av de överlevande hästarna korsades med arbetshästar för att inte kunna användas till snabba flykter eller till jakt. Appaloosa utrotades nästan helt.

Claude J Thompson skapade 1938 det första appaloosaregistret. Han hade läst en tidningsartikel om den fläckiga hästen, och bestämt sig för att rädda den nästan utdöda rasen. Många av de hästar han hittade var av korsningen appaloosa/arbetshäst, med för stora huvuden, tjocka halsar och stora hovar med mycket hovskägg. Den äkta appaloosa var mycket atletisk, smal och smärt och samtidigt muskulös. Thompson återskapade detta utseende genom att korsa appaloosahästarna med araber.

APHC, The Appaloosa Horse Club, grundades 1938 i Oregon. Idag finns mer än 625 000 hästar registrerade.

Utseende:
Minimimankhöjd för en häst på fem år eller mer är 142, 3 cm. Ingen övre gräns finns, det är dock ovanligt med hästar på över 170 cm. Då det är tillåtet att korsa in engelskt fullblod och arabiskt fullblod skiljer sig hästarna åt utseendemässigt. Typiska drag är pälsteckning, fläckig/spräcklig hud, långrandiga hovar och vit hornhinna. De flesta appoloosahästar är av lågställd typ, sk stockhästar.